Vous cherchez un « expert comptable centre médical » ? Ce guide s’adresse aux médecins, kinésithérapeutes, infirmiers, sages-femmes et autres professionnels de santé qui montent ou font évoluer une structure collective, ainsi qu’aux gestionnaires de centres de santé. Il explique ce que chaque forme implique pour la comptabilité, et ce qu’un expert-comptable doit savoir de votre structure avant de vous accompagner. Les règles citées sont celles du Code de la santé publique, du Code de commerce, du BOFiP et de l’Assurance maladie, consultées le 15 octobre 2026.

Il est rédigé par le Cabinet Berenfus, cabinet d’expertise comptable spécialisé dans les professions de santé en Île-de-France, dirigé par Héléna Berenfus, expert-comptable et commissaire aux comptes.

Centre médical, maison de santé, centre de santé : quelle différence ?

Le Code de la santé publique définit la maison de santé et le centre de santé, pas le « centre médical ». Dans le cabinet de groupe que ce terme désigne le plus souvent, comme en maison de santé, les praticiens exercent en règle générale en libéral. En centre de santé, ils sont salariés du gestionnaire, ou agents de la collectivité qui le gère. Cette différence commande toute la comptabilité.

Le centre médical : des libéraux qui partagent des moyens

« Centre médical » est une appellation d’usage. En pratique, elle désigne le plus souvent un cabinet de groupe : chaque praticien exerce en libéral, facture ses propres actes et tient sa propre comptabilité professionnelle. Les frais communs (loyer, secrétariat, matériel) sont souvent portés par une société civile de moyens (SCM).

La loi définit la SCM comme une société « ayant pour objet exclusif de faciliter à chacun de leurs membres l’exercice de son activité » : les associés y mettent en commun des moyens, « sans que la société puisse elle-même exercer » la profession (article 36 de la loi n° 66-879 du 29 novembre 1966). La SCM ne soigne pas et ne facture pas d’actes : elle répartit des charges. Le fonctionnement détaillé de la SCM, et sa comparaison avec la SELARL et la SCP, est traité dans notre article SELARL, SCM, SCP : quelle structure juridique choisir pour votre cabinet médical.

La maison de santé : un projet de santé porté par des libéraux

La maison de santé est « une personne morale constituée entre des professionnels médicaux, auxiliaires médicaux ou pharmaciens », qui assurent des soins de premier recours sans hébergement et peuvent mener des actions de santé publique et de prévention, dans le cadre d’un projet de santé qu’ils élaborent (article L6323-3 du Code de la santé publique). Les professionnels y exercent le plus souvent en libéral ; la SISA qui porte la maison de santé peut aussi employer des professionnels salariés si ses statuts le prévoient (article L4041-2).

Pour percevoir la rémunération forfaitaire prévue par l’accord conventionnel interprofessionnel (ACI), une maison de santé pluriprofessionnelle doit être constituée en société interprofessionnelle de soins ambulatoires, la SISA (ameli.fr).

Le centre de santé : un gestionnaire qui salarie les professionnels

Le centre de santé est une structure sanitaire de proximité qui dispense des soins de premier recours, et le cas échéant de second recours, avec des activités de prévention, de diagnostic et de soins, sans hébergement (article L6323-1 du Code de la santé publique). Il est créé et géré par un organisme à but non lucratif, une collectivité, un établissement public de santé, un gestionnaire d’établissement privé de santé ou une société coopérative d’intérêt collectif (article L6323-1-3). Surtout, les professionnels qui y exercent sont salariés, ou agents de la collectivité lorsqu’une collectivité gère le centre (article L6323-1-5).

Le tableau comparatif

Comment fonctionne la SISA, et comment la comptabiliser ?

La SISA met en commun des moyens et organise des activités exercées en commun : coordination, éducation thérapeutique, coopération. C’est elle qui peut percevoir la rémunération ACI, et elle peut, si ses statuts le prévoient, encaisser les honoraires des membres pour les leur reverser. Fiscalement, elle relève du régime des sociétés de personnes, sauf option pour l’IS : ce sont alors les associés qui sont imposés.

Ce que la SISA a le droit de faire

L’article L4041-2 du Code de la santé publique lui donne trois objets (texte sur Legifrance) :

1. la mise en commun de moyens pour faciliter l’exercice de chacun de ses associés, comme une SCM ;
2. l’exercice en commun d’activités de coordination thérapeutique, d’éducation thérapeutique ou de coopération entre professionnels de santé ;
3. pour une maison de santé, si ses statuts le prévoient : l’emploi de professionnels de santé salariés par la société, et l’encaissement de tout ou partie des rémunérations de ses membres, puis leur reversement à chacun d’eux.

C’est ce troisième point qui change le plus la comptabilité. Une SISA qui encaisse pour le compte de ses membres manie des fonds qui ne lui appartiennent pas : ils doivent être suivis praticien par praticien et reversés selon des règles écrites à l’avance.

La fiscalité de la SISA

Le BOFiP range la SISA parmi les sociétés relevant du régime fiscal des sociétés de personnes, au titre du 7° de l’article 8 du CGI (BOI-BIC-CHAMP-70-20-10-10). Le résultat de la SISA est imposé entre les mains de ses associés, à proportion de leurs droits. La SISA peut aussi opter pour l’impôt sur les sociétés ; le BOFiP précise que, pour les exercices clos à partir du 31 décembre 2018, cette option peut sous conditions faire l’objet d’une renonciation.

En l’absence d’option pour l’IS, les associés sont imposés sur leur quote-part du résultat selon les règles fiscales qui leur sont applicables. La comptabilité de la SISA et celles des praticiens doivent donc être cohérentes entre elles, exercice par exercice.

La rémunération ACI : un forfait annuel à répartir

L’Assurance maladie calcule la rémunération des maisons de santé par année civile et la verse au nom de la structure, en deux temps (ameli.fr) :

• une avance égale à 60 % de la rémunération calculée pour un taux d’atteinte de 100 % des indicateurs « prérequis socles » et « socles » sur une année complète, versée au plus tard le 30 avril de l’année concernée, ou dans les trois mois suivant la contractualisation pour une structure qui vient d’adhérer (elle est alors proratisée) ;
• un solde, égal à la différence entre la rémunération annuelle obtenue et l’avance, versé au plus tard le 30 avril de l’année suivante.

Trois sujets doivent être réglés avant le premier versement :

• Le traitement comptable et fiscal du forfait, qui dépend du régime applicable à la SISA et se détermine avec l’expert-comptable, en tenant compte du décalage entre l’avance et le solde.
• Ce qu’il finance : coordination, temps de réunion, systèmes d’information partagés, personnel. Les associés en décident, idéalement dans les statuts ou le règlement intérieur.
• Comment le montant disponible est réparti entre associés : au temps passé, aux missions assurées, à parts égales. Là encore, une règle écrite à l’avance.

Sans règle écrite, la répartition devient une source de conflit au moment où le solde est versé, au printemps de l’année suivante.

Vous créez une SISA ou votre maison de santé perçoit déjà l’ACI ? La clé de répartition et le traitement des fonds encaissés pour le compte des membres se décident avant le premier versement. Faites relire votre organisation comptable par le Cabinet Berenfus.

Comment se gère la comptabilité d’un centre de santé ?

Un centre de santé est géré par une personne morale qui emploie les soignants : sa comptabilité est celle d’un employeur, et le plus souvent celle d’une association. Il perçoit une rémunération forfaitaire selon le contrat auquel il adhère, et peut être soumis à la certification de ses comptes par un commissaire aux comptes selon ses subventions et sa taille.

Un employeur, pas un groupement de libéraux

Parce que les professionnels sont salariés (article L6323-1-5 du Code de la santé publique), le centre de santé gère des paies, des cotisations sociales d’employeur, des contrats de travail et des tableaux de bord d’activité. Les actes sont facturés par le centre. C’est un modèle économique radicalement différent de la maison de santé : le risque d’activité pèse sur le gestionnaire, pas sur chaque praticien.

Les forfaits : accord national ou ACI

Un centre de santé doit choisir entre deux contrats : le contrat-type de l’ACI, ou celui de l’accord national des centres de santé ; il ne peut pas adhérer aux deux (ameli.fr). Les centres de santé régis par l’accord national bénéficient d’une rémunération forfaitaire spécifique. L’Assurance maladie précise qu’elle « n’est pas une option » et qu’aucune démarche particulière n’est demandée pour en bénéficier, sous réserve de remplir les engagements prévus (ameli.fr). Quel que soit le contrat, ce forfait doit être traité selon les règles comptables applicables au gestionnaire et suivi dans un budget qui distingue les recettes d’actes, les forfaits et les éventuelles subventions.

Les subventions publiques

Beaucoup de centres de santé associatifs reçoivent des subventions de collectivités. Au-delà d’un montant global annuel de 153 000 € de subventions publiques en numéraire, l’association doit établir des comptes annuels (bilan, compte de résultat, annexe), en assurer la publicité et nommer un commissaire aux comptes (articles L612-4 et D612-5 du Code de commerce).

Quand une structure de santé doit-elle nommer un commissaire aux comptes ?

Deux cas d’obligation concernent le plus souvent les structures de santé non commerciales : recevoir plus de 153 000 € de subventions publiques par an pour une association, ou dépasser deux des trois seuils de taille (50 salariés, 3,1 millions d’euros de chiffre d’affaires ou de ressources, 1,55 million d’euros de bilan).

Une structure qui n’est pas obligée peut aussi choisir de faire certifier ses comptes, par exemple pour rassurer un financeur ou des associés.

Un point d’indépendance à connaître. Le code de déontologie des commissaires aux comptes exige l’absence de « risque d’autorévision » : un commissaire aux comptes ne peut pas se prononcer sur des éléments qu’il a lui-même produits (annexe 8-1 du Code de commerce). Pour une même structure, l’expertise comptable et la certification des comptes sont donc confiées à des intervenants distincts. Le recours à des intervenants distincts ne dispense pas d’examiner les liens de réseau et les risques d’autorévision avant l’acceptation de la mission. Le Cabinet Berenfus peut intervenir comme expert-comptable d’une structure, ou comme commissaire aux comptes d’une autre ; pas les deux pour la même. Les missions de commissariat aux comptes du cabinet sont présentées sur notre page commissaire aux comptes pour professions de santé.

Expert comptable centre médical : que fait-il selon la structure ?

La mission dépend de la structure. Pour un centre médical, elle porte sur la SCM et la comptabilité de chaque praticien. Pour une maison de santé, sur la SISA, la répartition de l’ACI et la cohérence avec les comptes des associés. Pour un centre de santé, sur une comptabilité d’employeur et, souvent, d’association subventionnée.

Un même cabinet peut ainsi tenir à la fois les comptes de la SISA et ceux des praticiens qui la composent. C’est souvent le moyen le plus sûr d’éviter les écarts entre la quote-part déclarée par chacun et le résultat de la société.

Les points de vigilance avant de créer la structure

Les difficultés les plus fréquentes naissent d’un choix de structure fait sans mesurer ses conséquences comptables : un forfait ACI attendu alors que la maison de santé n’est pas une SISA, des honoraires encaissés sans règle de reversement, un seuil de subventions franchi sans l’anticiper.

1. Confondre centre médical et maison de santé. Un cabinet de groupe en SCM, sans projet de santé ni SISA, n’ouvre pas droit à la rémunération ACI. Le nom « centre médical » sur la plaque n’y change rien.
2. Encaisser pour les autres sans base statutaire. L’encaissement et le reversement des rémunérations des membres par la SISA supposent que ses statuts le prévoient. À défaut, la structure manie des fonds sans cadre.
3. Ne pas écrire la clé de répartition de l’ACI. Le solde est versé au printemps de l’année suivante. Si la règle de partage n’est pas fixée, elle se négocie au pire moment.
4. Ignorer le décalage entre avance et solde. Le solde de l’année N est versé en N+1 : son traitement comptable et fiscal doit être déterminé selon le régime de la SISA, faute de quoi le résultat de la SISA, et donc la quote-part de chaque associé, risque d’être faussé.
5. Franchir le seuil de 153 000 € de subventions sans le voir venir. Pour un centre de santé associatif, une subvention supplémentaire peut déclencher l’obligation de comptes annuels publiés et de commissaire aux comptes. Mieux vaut le prévoir au budget.

Ce qui reste à vérifier pour votre situation

Les montants de l’ACI et de l’accord national des centres de santé dépendent d’indicateurs et d’avenants qui évoluent : ce guide n’en donne pas les montants, qui sont à lire sur ameli.fr pour l’année concernée. De même, le choix entre le régime des sociétés de personnes et l’option à l’IS pour une SISA se décide sur les chiffres de la structure et de ses associés.

Conclusion

Avant de parler comptabilité, il faut savoir quelle structure vous avez réellement :

• le centre médical, au sens du cabinet de groupe libéral présenté ici, souvent organisé en SCM, mutualise les moyens sans ouvrir, à lui seul, droit à l’ACI ;
• une maison de santé porte un projet de santé ; constituée en SISA, elle peut percevoir l’ACI sous réserve de contractualiser et de remplir les conditions conventionnelles, relève du régime des sociétés de personnes sauf option pour l’IS, et peut encaisser pour ses membres si ses statuts le prévoient ;
• un centre de santé est un employeur, souvent associatif, qui perçoit une rémunération forfaitaire selon le contrat choisi (accord national ou ACI) et peut devoir nommer un commissaire aux comptes.

Chacune appelle une comptabilité différente, et un expert-comptable qui connaît ces règles avant la création de la structure, pas après.

Questions fréquentes

Vous montez ou gérez une structure de santé collective ?

Le Cabinet Berenfus accompagne les professionnels de santé libéraux en Île-de-France, seuls ou en structure collective. Héléna Berenfus, expert-comptable et commissaire aux comptes, examine votre projet de centre médical, de maison de santé ou de centre de santé, et vous indique les obligations comptables et fiscales qui en découlent avant toute mission.

Demander une étude de votre projet : premier échange sans engagement, honoraires communiqués avant toute mission.

Ou directement : helena@cabinet-berenfus.fr ou 01 85 44 17 27. Voir aussi notre accompagnement des médecins libéraux et des kinésithérapeutes.

Article à jour au 15 octobre 2026. Sources : Code de la santé publique (art. L4041-2, L6323-1, L6323-1-3, L6323-1-5, L6323-3), loi n° 66-879 du 29 novembre 1966 (art. 36), Code de commerce (art. L612-1, L612-4, D612-5, R612-1, annexe 8-1), BOFiP (BOI-BIC-CHAMP-70-20-10-10), ameli.fr (ACI et accord national des centres de santé).

L’article Centre médical, maison de santé ou centre de santé : comptabilité, fiscalité et rôle de l’expert-comptable (guide 2026) est apparu en premier sur Cabinet Berenfus - Expert-Comptable Santé.

Héléna Berenfus, experte-comptable et commissaire aux comptes, signe cet article. Elle détaille ce que l’exonération couvre réellement, les huit opérations qui restent taxables, le changement d’avril 2025 sur les actes esthétiques, et le seuil qui fait basculer un cabinet dans la TVA.

Qui bénéficie de l’exonération de TVA en santé ?

L’article 261-4-1° du code général des impôts exonère de TVA les soins dispensés aux personnes. L’exonération tient à deux conditions cumulatives : la nature de l’acte, qui doit être un soin, et la qualité de celui qui le rend, qui doit relever d’une profession visée par le texte.

Les professions couvertes

Le texte vise les membres des professions médicales et paramédicales réglementées. La doctrine administrative, mise à jour le 9 avril 2025, en détaille la liste :

• les médecins, généralistes comme spécialistes ;
• les chirurgiens-dentistes ;
• les sages-femmes ;
• les professionnels paramédicaux réglementés : masseurs-kinésithérapeutes, infirmiers, orthophonistes, orthoptistes, pédicures-podologues ;
• les pharmaciens remplissant les conditions légales ;
• les praticiens autorisés à faire usage du titre d’ostéopathe, de chiropracteur, de psychologue ou de psychothérapeute ;
• les psychanalystes titulaires d’un diplôme de psychologie clinique.

Ce que « soin » veut dire fiscalement

L’exonération couvre les prestations qui concourent à établir un diagnostic médical ou à traiter une maladie humaine. Autrement dit, la finalité thérapeutique commande tout. Dès qu’une prestation sort de cette finalité, elle sort de l’exonération, même rendue par un praticien parfaitement habilité.

Or c’est le point que la plupart des cabinets sous-estiment. En effet, le statut du praticien ne suffit pas. En pratique, chaque ligne de recette s’apprécie pour elle-même.

TVA profession de santé : les huit opérations qui restent taxables

La doctrine administrative liste explicitement les activités taxables d’un professionnel de santé. Elles sont plus nombreuses qu’on ne le croit, et certaines constituent des recettes régulières : expertises, redevances de collaboration, location de local aménagé.

Les trois qui coûtent le plus cher en pratique

Les expertises. Qu’elles interviennent dans le cadre d’une instance ou d’un contrat d’assurance, elles supportent la TVA. Ainsi, un médecin qui réalise quelques expertises par mois pour des compagnies constitue, sans y penser, une activité taxable régulière.

Les redevances de collaboration. Lorsqu’un titulaire met son cabinet à disposition d’un collaborateur contre une redevance, cette redevance est taxable. Plus précisément, elle l’est du côté du titulaire qui l’encaisse. Ce mécanisme est détaillé dans notre article sur les rétrocessions entre kinésithérapeutes, mais il concerne toutes les professions.

La location de local aménagé. Ici, le texte précise « même entre confrères ». Partager un cabinet contre participation aux frais est donc une opération à qualifier avec soin. Dès lors, selon la rédaction de la convention, vous relevez soit d’un partage de frais, soit d’une location taxable.

Actes esthétiques : ce qui a changé le 9 avril 2025

Un acte de médecine ou de chirurgie esthétique n’est exonéré que s’il poursuit une finalité thérapeutique. Depuis la mise à jour doctrinale du 9 avril 2025, la preuve de cette finalité obéit à un critère précis pour les actes non remboursés : la reconnaissance par la Haute Autorité de santé.

Le critère retenu

L’intérêt diagnostique ou thérapeutique d’un acte esthétique est une question de fait. Le praticien doit pouvoir l’établir par tout moyen. La doctrine retient deux voies :

1. l’acte est pris en charge, totalement ou partiellement, par l’assurance maladie ;
2. à défaut de prise en charge, son intérêt thérapeutique ou diagnostique a été reconnu par la Haute Autorité de santé, ou par l’ANAES pour les avis antérieurs au 1er janvier 2005.

Ce que cela impose concrètement

Le praticien vérifie l’avis de la HAS avant d’appliquer l’exonération à un acte donné. En revanche, il ne se fie ni à l’usage du cabinet, ni à la pratique d’un confrère. De fait, en cas de contrôle, la charge de la démonstration lui revient.

Par ailleurs, cette clarification ne modifie pas le droit applicable : l’administration confirme sa doctrine et tranche des divergences d’interprétation. Elle resserre en revanche ce qui était toléré par habitude.

TVA profession de santé : le seuil qui fait basculer votre cabinet

Un professionnel de santé dont les recettes taxables restent sous les seuils de l’article 293 B du CGI bénéficie de la franchise en base : il ne facture pas la TVA et ne la déclare pas. Au-delà, il devient redevable. Point décisif : les soins exonérés n’entrent pas dans le calcul de ce seuil.

Les seuils applicables

Version de l’article 293 B en vigueur depuis le 1er mars 2025 :

Le dépassement du seuil majoré met fin à la franchise à compter de la date du dépassement, et non au 1er janvier suivant. Or c’est précisément ce détail qui produit les régularisations douloureuses.

Quel chiffre d’affaires compte

La doctrine sur la franchise en base est explicite : les prestations de soins exonérées au titre de l’article 261-4-1° du CGI ne sont pas prises en compte dans le chiffre d’affaires de référence. Autrement dit, seules les recettes taxables comptent : expertises, redevances, locations aménagées.

Un médecin qui encaisse 180 000 € d’honoraires de soins ne franchit donc aucun seuil de ce seul fait. En réalité, ce sont ses seules activités annexes qui le font basculer.

Cas chiffré : un médecin titulaire avec collaborateur

Prenons un exemple simplifié, construit sur une configuration courante.

Ce médecin dépasse le seuil majoré de 41 250 €. En conséquence, la franchise cesse de s’appliquer dès la date du dépassement. À partir de ce jour, ses expertises et sa redevance de collaboration supportent la TVA au taux normal de 20 %, fixé par l’article 278 du CGI.

Sur les 42 000 € de recettes annexes, l’enjeu annuel approche 8 400 € de taxe collectée. Concrètement, ce montant se refacture ou s’absorbe sur la marge. En revanche, ses honoraires de soins restent exonérés : le basculement ne les touche pas.

La contrepartie, souvent oubliée

Devenir redevable n’a pas que des inconvénients. En effet, la TVA supportée sur les dépenses affectées aux opérations taxables devient déductible. Encore faut-il savoir l’affecter.

Un praticien à activité mixte se trouve dans une situation particulière. Une partie de ses recettes est exonérée, l’autre est taxée. Dès lors, ses dépenses se répartissent en trois catégories :

• celles affectées exclusivement aux opérations taxables — par exemple le matériel utilisé uniquement pour les expertises : la TVA est intégralement déductible ;
• celles affectées exclusivement aux soins exonérés : aucune déduction possible ;
• celles à usage mixte, comme le loyer, le chauffage ou le matériel informatique : la déduction s’opère par application d’un coefficient.

Ce coefficient se calcule, il ne s’estime pas. Par conséquent, la comptabilité doit être organisée pour tracer l’affectation des dépenses dès le premier euro taxable. Reconstituer cette ventilation deux ans plus tard, face à un vérificateur, coûte toujours plus cher que de l’avoir tenue.

Les obligations qui accompagnent le basculement

Sortir de la franchise n’est pas un simple changement de taux. Concrètement, le cabinet doit :

• mentionner la TVA sur ses factures d’expertise, de redevance ou de location, à compter de la date du dépassement ;
• déposer des déclarations de TVA selon la périodicité applicable à sa situation ;
• retirer la mention « TVA non applicable, article 293 B du CGI » des documents qui la portaient encore ;
• arbitrer la refacturation : la taxe se répercute-t-elle sur le confrère collaborateur, sur la compagnie d’assurance, ou s’absorbe-t-elle sur la marge ?

Ce dernier point est rarement neutre. Une compagnie d’assurance récupère la TVA, un collaborateur libéral exonéré ne la récupère pas. Autrement dit, le même basculement se répercute différemment selon votre interlocuteur, et cela se négocie avant, pas après.

Ce qui change au 1er janvier 2027

Les articles 261 et 293 B du CGI vont disparaître. L’ordonnance n° 2025-1247 du 17 décembre 2025 recodifie la TVA dans le code des impositions sur les biens et services. Legifrance fait courir la version actuelle de l’article 293 B jusqu’au 1er janvier 2027.

Toutefois, il s’agit d’un déplacement des règles dans la norme, et non d’une réforme de fond. En pratique, les références citées dans vos conventions de collaboration, vos contrats de location et vos factures devront être mises à jour.

Point à confirmer avant toute décision. Une mise à jour doctrinale du 1er juillet 2026 annonce un aménagement du régime de la franchise en base, pris en application de l’article 82 de la loi de finances pour 2024 et de l’article 1er de la loi du 3 novembre 2025. Le détail de cet aménagement n’était pas explicite dans les sources consultées le 11 septembre 2026. Les seuils indiqués ci-dessus sont ceux de la version en vigueur de l’article 293 B : vérifiez-les à la source avant d’en tirer une conséquence contractuelle. Nous actualiserons cet article dès que le dispositif sera stabilisé.

Les erreurs que nous constatons en cabinet

Cinq situations à corriger avant un contrôle TVA

1. Ne jamais avoir recensé ses recettes annexes. Beaucoup de praticiens ignorent le total de leurs expertises et redevances. Or c’est ce total, et lui seul, qui détermine le franchissement du seuil.
2. Croire que le statut protège. Être médecin n’exonère pas : c’est l’acte qui est exonéré, pas la personne. Chaque ligne de recette s’apprécie séparément.
3. Traiter une mise à disposition de local comme un simple partage de frais. Selon la rédaction de la convention, l’opération devient une location taxable. Le contrat compte autant que l’intention.
4. Appliquer l’exonération à un acte esthétique par habitude. Depuis avril 2025, la référence est l’avis de la HAS pour les actes non remboursés. L’usage du cabinet ne vaut pas preuve.
5. Découvrir le dépassement l’année suivante. La franchise cesse à la date du dépassement. Un suivi trimestriel des recettes taxables évite une régularisation rétroactive assortie d’intérêts.

En résumé

Trois vérifications suffisent à sécuriser votre situation. D’abord, listez vos recettes autres que les soins. Ensuite, comparez leur total aux seuils de 37 500 € et 41 250 €. Enfin, pour chaque acte esthétique non remboursé, vérifiez l’existence d’un avis de la HAS.

Ces trois points déterminent si votre cabinet est redevable, et à partir de quelle date. Ensuite seulement viennent les déclarations, le coefficient de déduction et la refacturation.

Faire le point sur votre situation

Le Cabinet Berenfus accompagne les médecins, chirurgiens-dentistes, pharmaciens, infirmiers, kinésithérapeutes et sages-femmes exerçant en libéral. Héléna Berenfus, experte-comptable et commissaire aux comptes, recense vos recettes taxables et vous dit si vous franchissez le seuil, avant que l’administration ne le fasse.

Demander un point sur votre situation TVA — réponse sous 48 heures ouvrées, premier échange sans engagement, honoraires communiqués avant tout démarrage.

Ou directement : helena@cabinet-berenfus.fr — 01 85 44 17 27. Cabinet situé 12 rue de la Gare, 91330 Yerres. Voir aussi nos pages dédiées aux médecins, aux pharmaciens et aux kinésithérapeutes.

Questions fréquentes

Sur le champ de l’exonération

Sur le seuil et les obligations

Article à jour au 11 septembre 2026. Sources : article 261 du CGI, article 293 B du CGI, article 278 du CGI, BOI-TVA-CHAMP-30-10-20-10 du 9 avril 2025, BOI-TVA-DECLA-40-10-10, ordonnance n° 2025-1247 du 17 décembre 2025.

L’article TVA et professions de santé : ce qui est exonéré, ce qui ne l’est pas est apparu en premier sur Cabinet Berenfus - Expert-Comptable Santé.

Trois types de transmission à distinguer

• Cession de patientèle (BNC individuel) : vente du droit de présentation au successeur + matériel éventuel. Classique pour médecin, dentiste, kiné, sage-femme libéraux.
• Cession de fonds de commerce (BIC pharmacien) : vente de l’ensemble fonds d’officine (droit au bail + patientèle + stocks + matériel). Encadrée ARS.
• Cession de parts sociales (SELARL / SEL) : vente des titres de la société qui exerce. Fiscalement souvent plus avantageuse que la cession de patientèle.

Le choix entre ces trois voies conditionne la valorisation, la fiscalité, et la négociation. C’est une décision à prendre 2 à 5 ans avant la transmission, pas 3 mois avant.

Méthodes de valorisation profession par profession

Médecin libéral

Valorisation de la patientèle : 30 à 80 % du CA moyen sur 3 ans, selon la spécialité, la localisation, la fidélité de la patientèle, et le conventionnement. Fourchette haute (60-80 %) pour généralistes parisiens secteur 1 avec patientèle dense et fidèle. Fourchette basse (30-50 %) pour spécialistes secteur 2 où la patientèle suit plutôt le praticien que le cabinet.

Ajouter la valeur du matériel (à la valeur nette comptable ou à la valeur de marché si supérieure) et celle du droit au bail si c’est vous le propriétaire du bail.

Chirurgien-dentiste

Patientèle : 30 à 80 % du CA moyen 3 ans, fourchette haute pour omnipraticiens avec patientèle récurrente (contrôles, prothèses, orthodontie) et installation urbaine. Matériel dentaire : fauteuil (5-15 k€ après amortissement selon âge), radio panoramique (8-25 k€), imagerie 3D CBCT (30-60 k€), scanner intra-oral (10-20 k€). Total matériel : 50-150 k€ typiquement.

Pharmacien d’officine

Méthode dominante : 70 à 100 % du CA HT. Paris intra-muros et zones denses : fourchette haute 90-110 %. Province/banlieue : 65-85 %. Méthode EBE : 6 à 9 fois l’excédent brut d’exploitation retraité. Ajouter le stock valorisé à l’inventaire (généralement 150-400 k€ selon taille).

Pour les officines supérieures à 1 M€ de CA, nous utilisons systématiquement les deux méthodes en parallèle (CA + EBE) pour sécuriser la valorisation.

Masseur-kinésithérapeute

Valorisation patientèle : 30 à 60 % du CA moyen 3 ans. La patientèle kiné est moins “fidèle à un lieu” que médecin/dentiste (prescription médicale orientée, convenance géographique du patient), ce qui justifie une fourchette plus basse. Valeur du matériel (table, appareils de rééducation) souvent modeste : 10-30 k€.

Fiscalité : 3 régimes d’exonération à connaître

Article 238 quindecies — exonération petites entreprises

Exonération totale de la plus-value professionnelle si la valeur de cession est inférieure à 500 000 € et si l’activité a été exercée pendant au moins 5 ans. Exonération dégressive entre 500 k€ et 1 M€. Au-delà d’1 M€, pas d’exonération sur cette base.

C’est le dispositif le plus utilisé pour les petites et moyennes cessions de patientèle : médecin libéral cédant à 250-400 k€, cabinet dentaire à 300-500 k€, petite officine à 700-900 k€.

Article 151 septies — exonération pour départ retraite

Exonération totale de la plus-value professionnelle si le cédant part à la retraite dans les 2 ans qui suivent ou précèdent la cession. Conditions : 5 ans minimum d’exercice, respect de seuils de CA (250 k€ de recettes annuelles pour exonération totale, 350 k€ pour exonération partielle).

Dispositif très utilisé par les médecins, dentistes, pharmaciens cédant à 55-65 ans. Compatible avec d’autres exonérations sous conditions.

Article 151 septies B — exonération des plus-values long terme immobilières

Si vous détenez les murs de votre cabinet via une SCI depuis plus de 15 ans, la plus-value immobilière peut être en partie exonérée au moment de la cession. Règles complexes, à arbitrer avec un expert-comptable spécialisé.

Calendrier type d’une transmission réussie

1. M-60 à M-36 (2 à 5 ans avant) : choix de la voie (cession patientèle vs cession parts SELARL), nettoyage comptable, constitution/renforcement SELARL si pertinent, optimisation des 3 derniers bilans.
2. M-24 à M-18 : valorisation initiale multi-méthodes par votre expert-comptable, arbitrage fiscal (quel régime d’exonération cibler), préparation du dossier de cession (bilans, 2035 ou 2031, patientèle, matériel).
3. M-12 : recherche du successeur (confrère direct, réseau Ordre, cabinet spécialisé type Caduceum/Interfimo/Pharmetudes pour les officines). Signature d’une charte de confidentialité avec chaque candidat sérieux.
4. M-9 à M-6 : négociation et signature d’une lettre d’intention (LOI) : prix indicatif, conditions suspensives (financement acquéreur, ARS pour pharmacie, agrément Ordre).
5. M-6 à M-3 : audit acquéreur (due diligence), rédaction du protocole de cession par avocat, garanties d’actif/passif.
6. M-3 à J : signature du protocole, levée des conditions suspensives, paiement, acte définitif.
7. J+0 à M+6 : période de présentation au successeur (2-4 mois pour médecin/dentiste, 6-12 mois pour pharmacien avec ARS), accompagnement technique.

Les 5 pièges les plus fréquents

Piège 1 — Attendre le dernier moment

Préparer la transmission en 3 mois au lieu de 2-3 ans coûte 10 à 20 % de valorisation en moins. Bilans non optimisés, choix fiscal subi, négociation en position de faiblesse.

Piège 2 — Ignorer l’arbitrage BNC vs SELARL avant cession

Passer en SELARL 3-5 ans avant la cession peut transformer une cession de patientèle (fortement taxée) en cession de parts sociales (fiscalité souvent plus douce). Cet arbitrage peut représenter 50-150 k€ d’économie sur une cession à 500 k€-1 M€.

Piège 3 — Négliger la garantie d’actif/passif

Un protocole de cession sans garantie bien calibrée expose le cédant à des recours pendant 3-5 ans après la vente. Protéger le cédant par une garantie plafonnée et limitée dans le temps est non négociable.

Piège 4 — Sous-estimer l’accompagnement post-cession

Une patientèle cédée ne reste fidèle au repreneur que si elle est accompagnée. Prévoir 2-6 mois de présentation active (patients, partenaires médicaux, pharmacies du quartier, laboratoires) est une condition de rétention de la patientèle à 80-90 %.

Piège 5 — Ne pas préparer l’après

Beaucoup de cédants se retrouvent avec 500 k€-2 M€ de produit de cession et aucune stratégie patrimoniale construite. Assurance-vie, PER, immobilier locatif, SCI, placements bancaires : l’allocation doit être pensée avant la cession, pas après.

Notre accompagnement transmission

Le Cabinet Berenfus accompagne les professionnels de santé libéraux dans la transmission de leur cabinet ou officine. En tant qu’expert-comptable + commissaire aux comptes (CAC inscrit CNCC/H2A), nous apportons une rigueur de niveau audit à la valorisation et à la préparation des bilans — un avantage décisif face au repreneur et à sa banque.

Notre méthode :

• Diagnostic gratuit initial : état des lieux + faisabilité transmission + estimation haute/basse de valorisation
• Plan de travail à 2-5 ans selon votre horizon
• Valorisation multi-méthodes (CA, EBE, actif net corrigé) documentée
• Arbitrage fiscal : 238 quindecies, 151 septies, SELARL + holding SPFPL, selon votre profil
• Coordination avec avocat, notaire, banque, cabinet de transmission spécialisé
• Accompagnement post-cession : liquidation patrimoniale, défiscalisation du produit

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Sources officielles

• Legifrance — Article 238 quindecies CGI
• Legifrance — Article 151 septies CGI
• Legifrance — Article 151 septies B CGI
• impots.gouv.fr — Plus-values professionnelles

📅 Article mis à jour le 27 avril 2026. Les informations contenues dans cet article sont données à titre général et ne constituent pas un conseil personnalisé. Pour une analyse adaptée à votre situation, prenez rendez-vous avec un expert-comptable spécialisé.

Pour aller plus loin

• Commissaire aux comptes pour professions santé : pourquoi
• Comptabilité officine : stocks, valorisation, cession
• SELARL vs exercice libéral : simulation chiffrée
• SELARL pharmacien : avantages, inconvénients, coûts
• Optimisation fiscale médecin Paris : 7 leviers légaux

L’article Transmission cabinet médical, pharmacie, cabinet dentaire : valorisation, fiscalité, timing est apparu en premier sur Cabinet Berenfus - Expert-Comptable Santé.

Rappel : deux professions, deux missions distinctes

L’expert-comptable (EC)

Inscrit à l’Ordre des Experts-Comptables (OEC), l’expert-comptable accompagne l’activité au quotidien : tenue de la comptabilité, déclarations fiscales (2035, 2031, TVA), paie, conseil juridique de premier niveau, optimisation fiscale. Il est le partenaire de gestion de votre cabinet.

Le commissaire aux comptes (CAC)

Inscrit à la Compagnie Nationale des Commissaires aux Comptes (CNCC) et à la Haute Autorité de l’Audit (H2A, ex-H3C), le CAC est un professionnel indépendant qui certifie la régularité et la sincérité des comptes d’une société. Son rôle n’est pas de gérer mais de vérifier. Il émet un rapport annuel qui a valeur légale, opposable aux tiers (banques, administration, associés, investisseurs).

Ces deux professions sont, en principe, incompatibles sur une même entité — un CAC ne peut pas certifier les comptes qu’il a lui-même tenus. Mais un professionnel inscrit aux deux ordres peut choisir, dossier par dossier, lequel de ses deux chapeaux il porte.

Pourquoi un EC + CAC combinés change la donne

1. Conscience de la contrainte d’audit dès la tenue quotidienne

Un EC classique tient vos comptes avec les standards professionnels usuels. Un EC qui est aussi CAC anticipe dès la tenue quotidienne ce qui sera vu d’un œil auditeur : traçabilité des pièces, justifications des provisions, homogénéité des méthodes comptables, séparation des exercices. Votre comptabilité est nativement audit-ready.

Conséquence concrète : en cas de contrôle fiscal, de demande de financement bancaire important, ou de valorisation pré-cession, vos comptes tiennent la route à la première lecture. Pas de ménage de dernière minute, pas de provision oubliée, pas de justificatif introuvable.

2. Gouvernance renforcée sur les structures SELARL, SEL, SPFPL

Dès que votre SELARL dépasse 2 des 3 seuils légaux (5 M€ de total bilan, 10 M€ de CA HT, 50 salariés), la nomination d’un CAC devient obligatoire pendant 6 exercices. Mais même en-dessous des seuils, beaucoup de structures médicales complexes (groupements multi-praticiens, holdings SPFPL détenant plusieurs SELARL, cabinets dentaires avec assistants dentaires salariés en forte croissance) choisissent volontairement de nommer un CAC pour sécuriser la gouvernance.

Avoir son EC et son CAC dans le même cabinet (via deux mandats distincts, avec un autre associé ou réseau pour l’audit pour respecter l’indépendance) simplifie la coordination, réduit les coûts de coordination, et améliore la qualité de la restitution annuelle.

3. Crédibilité maximale auprès des banques et repreneurs

Quand vous sollicitez un prêt de 300 000 € pour racheter une pharmacie ou reprendre un cabinet dentaire, la banque regarde deux choses : votre dossier personnel, et la qualité de vos comptes. Un dossier présenté par un EC reconnu est crédible. Un dossier présenté par un EC également CAC l’est beaucoup plus, parce que le banquier sait que le praticien a l’habitude de produire des comptes qui résistent à l’audit.

Idem en cas de cession : le repreneur (et son propre expert-comptable) sera significativement plus rassuré par des comptes établis et suivis par un EC+CAC. Cela se traduit souvent par une valorisation mieux défendue et une négociation plus courte.

4. Prévention des conflits entre associés

Dans les SCM, SELARL multi-associés, groupements de praticiens, les désaccords comptables sont l’une des premières causes de rupture. Un EC qui est aussi CAC intègre d’emblée dans les statuts et dans le mode de tenue des règles qui protègent tous les associés — méthodes de répartition des charges, modalités de décompte des journées travaillées, provisions sur créances, traitement des rétrocessions. Cela évite 80 % des contentieux internes.

5. Préparation fluide de la transmission

La transmission d’un cabinet, d’une pharmacie ou d’une SELARL médicale est l’un des moments où la qualité comptable est décisive. Valorisation à partir des bilans, due diligence par le repreneur, traitement des plus-values (article 238 quindecies, article 151 septies, report d’imposition), négociation des garanties d’actif/passif : tout repose sur la fiabilité des chiffres produits.

Un EC+CAC anticipe 2 à 5 ans avant la cession les points d’attention qui seront regardés par le repreneur. Il prépare des comptes “propres” pour la cession, documente les retraitements, et accompagne le cédant pendant la phase d’audit. Gain moyen observé sur nos dossiers : 3 à 8 % de valorisation en plus.

Les cas où le combo EC+CAC est décisif

• Médecin spécialiste secteur 2 avec BNC > 200 k€ envisageant SELARL + holding SPFPL : l’architecture mérite une vigilance d’audit dès la constitution.
• Pharmacien reprenant une officine à 1,5-3 M€ de CA : la banque exige des bilans pré-cession audités ou au minimum suivis par un EC reconnu.
• Chirurgien-dentiste en SELARL 2-3 associés avec matériel lourd (imagerie 3D, scanner, fauteuils) : les amortissements, provisions et répartitions entre associés sont des zones de contentieux fréquentes.
• Groupement de kinés en SCM + SELARL avec rétrocessions croisées : la traçabilité des flux est cruciale pour l’URSSAF comme pour les associés.
• Maison de santé pluridisciplinaire (MSP) avec SISA ou SCM multi-professions : structure complexe où un regard CAC dès la tenue comptable évite les redressements.
• Toute structure préparant une cession à 5-10 ans : les comptes des 3 derniers exercices déterminent 70 % de la valorisation.

Ce que le Cabinet Berenfus apporte en combinant EC et CAC

Helena Berenfus est à la fois inscrite à l’Ordre des Experts-Comptables (OEC) et à la Compagnie Nationale des Commissaires aux Comptes (CNCC), avec autorité de rattachement H2A. SIREN 850 674 409. Ce combo, appliqué à une niche professions de santé libérales, est extrêmement rare sur le marché francilien.

Concrètement, pour un praticien qui nous confie sa gestion :

• Comptabilité tenue aux standards d’audit dès le premier exercice, sans surcoût
• Conseil sur la nomination volontaire d’un CAC quand votre structure s’y prête (nous ne sommes pas CAC et EC sur la même entité, règles d’indépendance obligent — mais nous orientons vers un CAC partenaire)
• Préparation active de la transmission 3-5 ans avant avec une rigueur de niveau audit
• Crédibilité renforcée face aux banques, repreneurs, co-associés, administration fiscale
• Interlocuteur unique pour l’ensemble de vos sujets comptables, fiscaux, juridiques et d’audit

Quand le CAC devient obligatoire pour un professionnel de santé

La nomination d’un CAC est obligatoire dès que votre SEL (SELARL, SELAS, SELAFA) dépasse 2 des 3 seuils suivants à la clôture de l’exercice :

• Total du bilan : 5 millions d’euros
• Chiffre d’affaires HT : 10 millions d’euros
• Effectif salarié : 50 personnes

Pour la plupart des praticiens libéraux, ces seuils sont loin. Mais pour une officine de pharmacie, le seuil de 10 M€ de CA est régulièrement franchi. Pour une SPFPL (holding) détenant plusieurs SELARL, les seuils s’apprécient au niveau consolidé. Pour un cabinet dentaire en SELARL avec plusieurs praticiens, 50 salariés peut être atteint avec assistants + secrétaires + préparateurs.

Même en-dessous des seuils, la nomination volontaire d’un CAC reste un levier stratégique pour les structures qui se préparent à une cession, une levée de fonds, un regroupement, ou qui souhaitent tout simplement sécuriser leur gouvernance.

Parlons de votre situation

Vous vous posez la question de la pertinence d’un CAC pour votre SELARL, votre pharmacie, votre cabinet dentaire ou votre MSP ? Nous faisons un diagnostic gratuit en 30 minutes de visio et vous apportons une réponse chiffrée : seuils, bénéfices attendus, budget à prévoir, calendrier.

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Sources officielles

• H2A — Haute Autorité de l’Audit
• CNCC — Compagnie Nationale des Commissaires aux Comptes
• Legifrance — Code de commerce L823-1 et suivants
• EUR-Lex — Directive UE 2023/2775 (seuils CAC)

📅 Article mis à jour le 27 avril 2026. Les informations contenues dans cet article sont données à titre général et ne constituent pas un conseil personnalisé. Pour une analyse adaptée à votre situation, prenez rendez-vous avec un expert-comptable spécialisé.

Pour aller plus loin

• Le Cabinet Berenfus — OEC + CNCC + SIREN 850 674 409
• Guide SELARL professions de santé
• SELARL vs exercice libéral : simulation chiffrée médecin
• SELARL pharmacien : avantages, inconvénients, coûts
• Optimisation fiscale médecin Paris : 7 leviers légaux

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Régime fiscal : toujours BIC

Le pharmacien d’officine est toujours en BIC (Bénéfices Industriels et Commerciaux), car l’activité est considérée comme commerciale au sens fiscal : achat de médicaments et produits pour revente avec marge. Déclaration annuelle via formulaire 2031 (régime réel normal ou simplifié selon CA).

Conséquence : comptabilité d’engagement complète (facturation engagée/ payée, provisions), inventaire physique annuel obligatoire au 31/12, gestion TVA multi-taux.

La gestion des stocks : le poste clé

Les stocks d’une pharmacie moyenne représentent 10 à 15 % du chiffre d’affaires en valeur — soit 150 à 400 k€ pour une officine de CA 1,5-3 M€. C’est le poste le plus stratégique à piloter.

Inventaire annuel obligatoire

Au 31 décembre de chaque année, inventaire physique complet. Méthodes usuelles :

• Inventaire manuel par code CIP sur un dimanche / jour de fermeture
• Inventaire via douchette sur le LGO (logiciel de gestion d’officine) — plus rapide
• Inventaire “tournant” en cours d’année (pré-comptage mensuel par segment) puis ajustement au 31/12

Valorisation : au coût d’achat HT (prix catalogue répartiteur, remise comprise). Méthode FIFO ou PMP selon l’organisation du stock.

Provisions pour dépréciation

Médicaments périmés ou à péremption proche : provision pour dépréciation déductible. Règle prudente : 10 à 20 % de provision sur la tranche péremption < 6 mois. À justifier en cas de contrôle.

TVA multi-taux : le casse-tête

Les officines gèrent simultanément 4 taux de TVA :

• 2,1 % : médicaments remboursables par la Sécurité sociale
• 10 % : médicaments non remboursables, préparations magistrales
• 20 % : parapharmacie, produits cosmétiques, compléments alimentaires
• 5,5 % : certains produits spécifiques (aliments diététiques sur prescription)

Déclaration mensuelle (CA12 standard) ou trimestrielle (CA3) selon le régime et le CA. Ventilation obligatoire des recettes par taux. Le LGO moderne (LGPI, Winpharma, Pharmaland, Alliadis) produit la ventilation automatiquement à partir des ventes.

Charges spécifiques d’une officine

• Achats de marchandises : 70-75 % du CA (poste principal)
• Salaires + charges sociales pharmaciens adjoints + préparateurs : 12-18 % du CA
• Loyer ou amortissement des murs : 3-6 % du CA
• Charges externes (télétransmission, LGO, assurance, formation DPC, sécurité) : 2-4 % du CA
• CAVP + URSSAF : 15-18 % du BIC du titulaire
• Impôts et taxes : CFE, CET, contribution économique territoriale