Trois types de transmission à distinguer

• Cession de patientèle (BNC individuel) : vente du droit de présentation au successeur + matériel éventuel. Classique pour médecin, dentiste, kiné, sage-femme libéraux.
• Cession de fonds de commerce (BIC pharmacien) : vente de l’ensemble fonds d’officine (droit au bail + patientèle + stocks + matériel). Encadrée ARS.
• Cession de parts sociales (SELARL / SEL) : vente des titres de la société qui exerce. Fiscalement souvent plus avantageuse que la cession de patientèle.

Le choix entre ces trois voies conditionne la valorisation, la fiscalité, et la négociation. C’est une décision à prendre 2 à 5 ans avant la transmission, pas 3 mois avant.

Méthodes de valorisation profession par profession

Médecin libéral

Valorisation de la patientèle : 30 à 80 % du CA moyen sur 3 ans, selon la spécialité, la localisation, la fidélité de la patientèle, et le conventionnement. Fourchette haute (60-80 %) pour généralistes parisiens secteur 1 avec patientèle dense et fidèle. Fourchette basse (30-50 %) pour spécialistes secteur 2 où la patientèle suit plutôt le praticien que le cabinet.

Ajouter la valeur du matériel (à la valeur nette comptable ou à la valeur de marché si supérieure) et celle du droit au bail si c’est vous le propriétaire du bail.

Chirurgien-dentiste

Patientèle : 30 à 80 % du CA moyen 3 ans, fourchette haute pour omnipraticiens avec patientèle récurrente (contrôles, prothèses, orthodontie) et installation urbaine. Matériel dentaire : fauteuil (5-15 k€ après amortissement selon âge), radio panoramique (8-25 k€), imagerie 3D CBCT (30-60 k€), scanner intra-oral (10-20 k€). Total matériel : 50-150 k€ typiquement.

Pharmacien d’officine

Méthode dominante : 70 à 100 % du CA HT. Paris intra-muros et zones denses : fourchette haute 90-110 %. Province/banlieue : 65-85 %. Méthode EBE : 6 à 9 fois l’excédent brut d’exploitation retraité. Ajouter le stock valorisé à l’inventaire (généralement 150-400 k€ selon taille).

Pour les officines supérieures à 1 M€ de CA, nous utilisons systématiquement les deux méthodes en parallèle (CA + EBE) pour sécuriser la valorisation.

Masseur-kinésithérapeute

Valorisation patientèle : 30 à 60 % du CA moyen 3 ans. La patientèle kiné est moins “fidèle à un lieu” que médecin/dentiste (prescription médicale orientée, convenance géographique du patient), ce qui justifie une fourchette plus basse. Valeur du matériel (table, appareils de rééducation) souvent modeste : 10-30 k€.

Fiscalité : 3 régimes d’exonération à connaître

Article 238 quindecies — exonération petites entreprises

Exonération totale de la plus-value professionnelle si la valeur de cession est inférieure à 500 000 € et si l’activité a été exercée pendant au moins 5 ans. Exonération dégressive entre 500 k€ et 1 M€. Au-delà d’1 M€, pas d’exonération sur cette base.

C’est le dispositif le plus utilisé pour les petites et moyennes cessions de patientèle : médecin libéral cédant à 250-400 k€, cabinet dentaire à 300-500 k€, petite officine à 700-900 k€.

Article 151 septies — exonération pour départ retraite

Exonération totale de la plus-value professionnelle si le cédant part à la retraite dans les 2 ans qui suivent ou précèdent la cession. Conditions : 5 ans minimum d’exercice, respect de seuils de CA (250 k€ de recettes annuelles pour exonération totale, 350 k€ pour exonération partielle).

Dispositif très utilisé par les médecins, dentistes, pharmaciens cédant à 55-65 ans. Compatible avec d’autres exonérations sous conditions.

Article 151 septies B — exonération des plus-values long terme immobilières

Si vous détenez les murs de votre cabinet via une SCI depuis plus de 15 ans, la plus-value immobilière peut être en partie exonérée au moment de la cession. Règles complexes, à arbitrer avec un expert-comptable spécialisé.

Calendrier type d’une transmission réussie

1. M-60 à M-36 (2 à 5 ans avant) : choix de la voie (cession patientèle vs cession parts SELARL), nettoyage comptable, constitution/renforcement SELARL si pertinent, optimisation des 3 derniers bilans.
2. M-24 à M-18 : valorisation initiale multi-méthodes par votre expert-comptable, arbitrage fiscal (quel régime d’exonération cibler), préparation du dossier de cession (bilans, 2035 ou 2031, patientèle, matériel).
3. M-12 : recherche du successeur (confrère direct, réseau Ordre, cabinet spécialisé type Caduceum/Interfimo/Pharmetudes pour les officines). Signature d’une charte de confidentialité avec chaque candidat sérieux.
4. M-9 à M-6 : négociation et signature d’une lettre d’intention (LOI) : prix indicatif, conditions suspensives (financement acquéreur, ARS pour pharmacie, agrément Ordre).
5. M-6 à M-3 : audit acquéreur (due diligence), rédaction du protocole de cession par avocat, garanties d’actif/passif.
6. M-3 à J : signature du protocole, levée des conditions suspensives, paiement, acte définitif.
7. J+0 à M+6 : période de présentation au successeur (2-4 mois pour médecin/dentiste, 6-12 mois pour pharmacien avec ARS), accompagnement technique.

Les 5 pièges les plus fréquents

Piège 1 — Attendre le dernier moment

Préparer la transmission en 3 mois au lieu de 2-3 ans coûte 10 à 20 % de valorisation en moins. Bilans non optimisés, choix fiscal subi, négociation en position de faiblesse.

Piège 2 — Ignorer l’arbitrage BNC vs SELARL avant cession

Passer en SELARL 3-5 ans avant la cession peut transformer une cession de patientèle (fortement taxée) en cession de parts sociales (fiscalité souvent plus douce). Cet arbitrage peut représenter 50-150 k€ d’économie sur une cession à 500 k€-1 M€.

Piège 3 — Négliger la garantie d’actif/passif

Un protocole de cession sans garantie bien calibrée expose le cédant à des recours pendant 3-5 ans après la vente. Protéger le cédant par une garantie plafonnée et limitée dans le temps est non négociable.

Piège 4 — Sous-estimer l’accompagnement post-cession

Une patientèle cédée ne reste fidèle au repreneur que si elle est accompagnée. Prévoir 2-6 mois de présentation active (patients, partenaires médicaux, pharmacies du quartier, laboratoires) est une condition de rétention de la patientèle à 80-90 %.

Piège 5 — Ne pas préparer l’après

Beaucoup de cédants se retrouvent avec 500 k€-2 M€ de produit de cession et aucune stratégie patrimoniale construite. Assurance-vie, PER, immobilier locatif, SCI, placements bancaires : l’allocation doit être pensée avant la cession, pas après.

Notre accompagnement transmission

Le Cabinet Berenfus accompagne les professionnels de santé libéraux dans la transmission de leur cabinet ou officine. En tant qu’expert-comptable + commissaire aux comptes (CAC inscrit CNCC/H2A), nous apportons une rigueur de niveau audit à la valorisation et à la préparation des bilans — un avantage décisif face au repreneur et à sa banque.

Notre méthode :

• Diagnostic gratuit initial : état des lieux + faisabilité transmission + estimation haute/basse de valorisation
• Plan de travail à 2-5 ans selon votre horizon
• Valorisation multi-méthodes (CA, EBE, actif net corrigé) documentée
• Arbitrage fiscal : 238 quindecies, 151 septies, SELARL + holding SPFPL, selon votre profil
• Coordination avec avocat, notaire, banque, cabinet de transmission spécialisé
• Accompagnement post-cession : liquidation patrimoniale, défiscalisation du produit

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Sources officielles

• Legifrance — Article 238 quindecies CGI
• Legifrance — Article 151 septies CGI
• Legifrance — Article 151 septies B CGI
• impots.gouv.fr — Plus-values professionnelles

📅 Article mis à jour le 27 avril 2026. Les informations contenues dans cet article sont données à titre général et ne constituent pas un conseil personnalisé. Pour une analyse adaptée à votre situation, prenez rendez-vous avec un expert-comptable spécialisé.

Pour aller plus loin

• Commissaire aux comptes pour professions santé : pourquoi
• Comptabilité officine : stocks, valorisation, cession
• SELARL vs exercice libéral : simulation chiffrée
• SELARL pharmacien : avantages, inconvénients, coûts
• Optimisation fiscale médecin Paris : 7 leviers légaux

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Régime fiscal : toujours BIC

Le pharmacien d’officine est toujours en BIC (Bénéfices Industriels et Commerciaux), car l’activité est considérée comme commerciale au sens fiscal : achat de médicaments et produits pour revente avec marge. Déclaration annuelle via formulaire 2031 (régime réel normal ou simplifié selon CA).

Conséquence : comptabilité d’engagement complète (facturation engagée/ payée, provisions), inventaire physique annuel obligatoire au 31/12, gestion TVA multi-taux.

La gestion des stocks : le poste clé

Les stocks d’une pharmacie moyenne représentent 10 à 15 % du chiffre d’affaires en valeur — soit 150 à 400 k€ pour une officine de CA 1,5-3 M€. C’est le poste le plus stratégique à piloter.

Inventaire annuel obligatoire

Au 31 décembre de chaque année, inventaire physique complet. Méthodes usuelles :

• Inventaire manuel par code CIP sur un dimanche / jour de fermeture
• Inventaire via douchette sur le LGO (logiciel de gestion d’officine) — plus rapide
• Inventaire “tournant” en cours d’année (pré-comptage mensuel par segment) puis ajustement au 31/12

Valorisation : au coût d’achat HT (prix catalogue répartiteur, remise comprise). Méthode FIFO ou PMP selon l’organisation du stock.

Provisions pour dépréciation

Médicaments périmés ou à péremption proche : provision pour dépréciation déductible. Règle prudente : 10 à 20 % de provision sur la tranche péremption < 6 mois. À justifier en cas de contrôle.

TVA multi-taux : le casse-tête

Les officines gèrent simultanément 4 taux de TVA :

• 2,1 % : médicaments remboursables par la Sécurité sociale
• 10 % : médicaments non remboursables, préparations magistrales
• 20 % : parapharmacie, produits cosmétiques, compléments alimentaires
• 5,5 % : certains produits spécifiques (aliments diététiques sur prescription)

Déclaration mensuelle (CA12 standard) ou trimestrielle (CA3) selon le régime et le CA. Ventilation obligatoire des recettes par taux. Le LGO moderne (LGPI, Winpharma, Pharmaland, Alliadis) produit la ventilation automatiquement à partir des ventes.

Charges spécifiques d’une officine

• Achats de marchandises : 70-75 % du CA (poste principal)
• Salaires + charges sociales pharmaciens adjoints + préparateurs : 12-18 % du CA
• Loyer ou amortissement des murs : 3-6 % du CA
• Charges externes (télétransmission, LGO, assurance, formation DPC, sécurité) : 2-4 % du CA
• CAVP + URSSAF : 15-18 % du BIC du titulaire
• Impôts et taxes : CFE, CET, contribution économique territoriale