Trois praticiens qui s’installent ensemble peuvent créer un « centre médical », une maison de santé pluriprofessionnelle ou un centre de santé. Les trois se ressemblent vu de la salle d’attente. Leur comptabilité, leur fiscalité, les forfaits qu’ils peuvent percevoir de l’Assurance maladie et leurs obligations de contrôle n’ont pourtant presque rien en commun.
Vous cherchez un « expert comptable centre médical » ? Ce guide s’adresse aux médecins, kinésithérapeutes, infirmiers, sages-femmes et autres professionnels de santé qui montent ou font évoluer une structure collective, ainsi qu’aux gestionnaires de centres de santé. Il explique ce que chaque forme implique pour la comptabilité, et ce qu’un expert-comptable doit savoir de votre structure avant de vous accompagner. Les règles citées sont celles du Code de la santé publique, du Code de commerce, du BOFiP et de l’Assurance maladie, consultées le 15 octobre 2026.
Il est rédigé par le Cabinet Berenfus, cabinet d’expertise comptable spécialisé dans les professions de santé en Île-de-France, dirigé par Héléna Berenfus, expert-comptable et commissaire aux comptes.
Centre médical, maison de santé, centre de santé : quelle différence ?
Le Code de la santé publique définit la maison de santé et le centre de santé, pas le « centre médical ». Dans le cabinet de groupe que ce terme désigne le plus souvent, comme en maison de santé, les praticiens exercent en règle générale en libéral. En centre de santé, ils sont salariés du gestionnaire, ou agents de la collectivité qui le gère. Cette différence commande toute la comptabilité.
Le centre médical : des libéraux qui partagent des moyens
« Centre médical » est une appellation d’usage. En pratique, elle désigne le plus souvent un cabinet de groupe : chaque praticien exerce en libéral, facture ses propres actes et tient sa propre comptabilité professionnelle. Les frais communs (loyer, secrétariat, matériel) sont souvent portés par une société civile de moyens (SCM).
La loi définit la SCM comme une société « ayant pour objet exclusif de faciliter à chacun de leurs membres l’exercice de son activité » : les associés y mettent en commun des moyens, « sans que la société puisse elle-même exercer » la profession (article 36 de la loi n° 66-879 du 29 novembre 1966). La SCM ne soigne pas et ne facture pas d’actes : elle répartit des charges. Le fonctionnement détaillé de la SCM, et sa comparaison avec la SELARL et la SCP, est traité dans notre article SELARL, SCM, SCP : quelle structure juridique choisir pour votre cabinet médical.
La maison de santé : un projet de santé porté par des libéraux
La maison de santé est « une personne morale constituée entre des professionnels médicaux, auxiliaires médicaux ou pharmaciens », qui assurent des soins de premier recours sans hébergement et peuvent mener des actions de santé publique et de prévention, dans le cadre d’un projet de santé qu’ils élaborent (article L6323-3 du Code de la santé publique). Les professionnels y exercent le plus souvent en libéral ; la SISA qui porte la maison de santé peut aussi employer des professionnels salariés si ses statuts le prévoient (article L4041-2).
Pour percevoir la rémunération forfaitaire prévue par l’accord conventionnel interprofessionnel (ACI), une maison de santé pluriprofessionnelle doit être constituée en société interprofessionnelle de soins ambulatoires, la SISA (ameli.fr).
Le centre de santé : un gestionnaire qui salarie les professionnels
Le centre de santé est une structure sanitaire de proximité qui dispense des soins de premier recours, et le cas échéant de second recours, avec des activités de prévention, de diagnostic et de soins, sans hébergement (article L6323-1 du Code de la santé publique). Il est créé et géré par un organisme à but non lucratif, une collectivité, un établissement public de santé, un gestionnaire d’établissement privé de santé ou une société coopérative d’intérêt collectif (article L6323-1-3). Surtout, les professionnels qui y exercent sont salariés, ou agents de la collectivité lorsqu’une collectivité gère le centre (article L6323-1-5).
Le tableau comparatif
| Centre médical (cabinet de groupe) | Maison de santé pluriprofessionnelle | Centre de santé | |
|---|---|---|---|
| Définition légale | aucune, appellation d’usage | art. L6323-3 CSP | art. L6323-1 CSP |
| Structure type | SCM pour les moyens, praticiens en libéral | SISA, praticiens en libéral | association, collectivité, établissement de santé, SCIC… |
| Statut des praticiens | libéraux | le plus souvent libéraux (salariat possible dans la SISA si les statuts le prévoient) | salariés, ou agents de la collectivité gestionnaire |
| Qui facture les actes | chaque praticien | chaque praticien ; la SISA peut encaisser et reverser si ses statuts le prévoient | le centre |
| Forfait de l’Assurance maladie | non | rémunération ACI versée à la SISA, sous réserve de contractualiser et de remplir les indicateurs | selon le contrat choisi : accord national des centres de santé ou contrat ACI, pas les deux |
| Fiscalité de la structure | SCM : répartition des charges entre associés | SISA : régime des sociétés de personnes, option IS possible | selon le gestionnaire (association, collectivité…) |
| Commissaire aux comptes | rarement concerné | si la SISA dépasse deux des trois seuils légaux | si l’association dépasse 153 000 € de subventions, ou deux des trois seuils |
| Adapté si… | vous voulez partager des frais sans projet commun | vous portez un projet de santé coordonné entre professions | un gestionnaire porte la structure et salarie les soignants |
Comment fonctionne la SISA, et comment la comptabiliser ?
La SISA met en commun des moyens et organise des activités exercées en commun : coordination, éducation thérapeutique, coopération. C’est elle qui peut percevoir la rémunération ACI, et elle peut, si ses statuts le prévoient, encaisser les honoraires des membres pour les leur reverser. Fiscalement, elle relève du régime des sociétés de personnes, sauf option pour l’IS : ce sont alors les associés qui sont imposés.
Ce que la SISA a le droit de faire
L’article L4041-2 du Code de la santé publique lui donne trois objets (texte sur Legifrance) :
- la mise en commun de moyens pour faciliter l’exercice de chacun de ses associés, comme une SCM ;
- l’exercice en commun d’activités de coordination thérapeutique, d’éducation thérapeutique ou de coopération entre professionnels de santé ;
- pour une maison de santé, si ses statuts le prévoient : l’emploi de professionnels de santé salariés par la société, et l’encaissement de tout ou partie des rémunérations de ses membres, puis leur reversement à chacun d’eux.
C’est ce troisième point qui change le plus la comptabilité. Une SISA qui encaisse pour le compte de ses membres manie des fonds qui ne lui appartiennent pas : ils doivent être suivis praticien par praticien et reversés selon des règles écrites à l’avance.
La fiscalité de la SISA
Le BOFiP range la SISA parmi les sociétés relevant du régime fiscal des sociétés de personnes, au titre du 7° de l’article 8 du CGI (BOI-BIC-CHAMP-70-20-10-10). Le résultat de la SISA est imposé entre les mains de ses associés, à proportion de leurs droits. La SISA peut aussi opter pour l’impôt sur les sociétés ; le BOFiP précise que, pour les exercices clos à partir du 31 décembre 2018, cette option peut sous conditions faire l’objet d’une renonciation.
En l’absence d’option pour l’IS, les associés sont imposés sur leur quote-part du résultat selon les règles fiscales qui leur sont applicables. La comptabilité de la SISA et celles des praticiens doivent donc être cohérentes entre elles, exercice par exercice.
La rémunération ACI : un forfait annuel à répartir
L’Assurance maladie calcule la rémunération des maisons de santé par année civile et la verse au nom de la structure, en deux temps (ameli.fr) :
- une avance égale à 60 % de la rémunération calculée pour un taux d’atteinte de 100 % des indicateurs « prérequis socles » et « socles » sur une année complète, versée au plus tard le 30 avril de l’année concernée, ou dans les trois mois suivant la contractualisation pour une structure qui vient d’adhérer (elle est alors proratisée) ;
- un solde, égal à la différence entre la rémunération annuelle obtenue et l’avance, versé au plus tard le 30 avril de l’année suivante.
Trois sujets doivent être réglés avant le premier versement :
- Le traitement comptable et fiscal du forfait, qui dépend du régime applicable à la SISA et se détermine avec l’expert-comptable, en tenant compte du décalage entre l’avance et le solde.
- Ce qu’il finance : coordination, temps de réunion, systèmes d’information partagés, personnel. Les associés en décident, idéalement dans les statuts ou le règlement intérieur.
- Comment le montant disponible est réparti entre associés : au temps passé, aux missions assurées, à parts égales. Là encore, une règle écrite à l’avance.
Sans règle écrite, la répartition devient une source de conflit au moment où le solde est versé, au printemps de l’année suivante.
Vous créez une SISA ou votre maison de santé perçoit déjà l’ACI ? La clé de répartition et le traitement des fonds encaissés pour le compte des membres se décident avant le premier versement. Faites relire votre organisation comptable par le Cabinet Berenfus.
Comment se gère la comptabilité d’un centre de santé ?
Un centre de santé est géré par une personne morale qui emploie les soignants : sa comptabilité est celle d’un employeur, et le plus souvent celle d’une association. Il perçoit une rémunération forfaitaire selon le contrat auquel il adhère, et peut être soumis à la certification de ses comptes par un commissaire aux comptes selon ses subventions et sa taille.
Un employeur, pas un groupement de libéraux
Parce que les professionnels sont salariés (article L6323-1-5 du Code de la santé publique), le centre de santé gère des paies, des cotisations sociales d’employeur, des contrats de travail et des tableaux de bord d’activité. Les actes sont facturés par le centre. C’est un modèle économique radicalement différent de la maison de santé : le risque d’activité pèse sur le gestionnaire, pas sur chaque praticien.
Les forfaits : accord national ou ACI
Un centre de santé doit choisir entre deux contrats : le contrat-type de l’ACI, ou celui de l’accord national des centres de santé ; il ne peut pas adhérer aux deux (ameli.fr). Les centres de santé régis par l’accord national bénéficient d’une rémunération forfaitaire spécifique. L’Assurance maladie précise qu’elle « n’est pas une option » et qu’aucune démarche particulière n’est demandée pour en bénéficier, sous réserve de remplir les engagements prévus (ameli.fr). Quel que soit le contrat, ce forfait doit être traité selon les règles comptables applicables au gestionnaire et suivi dans un budget qui distingue les recettes d’actes, les forfaits et les éventuelles subventions.
Les subventions publiques
Beaucoup de centres de santé associatifs reçoivent des subventions de collectivités. Au-delà d’un montant global annuel de 153 000 € de subventions publiques en numéraire, l’association doit établir des comptes annuels (bilan, compte de résultat, annexe), en assurer la publicité et nommer un commissaire aux comptes (articles L612-4 et D612-5 du Code de commerce).
Quand une structure de santé doit-elle nommer un commissaire aux comptes ?
Deux cas d’obligation concernent le plus souvent les structures de santé non commerciales : recevoir plus de 153 000 € de subventions publiques par an pour une association, ou dépasser deux des trois seuils de taille (50 salariés, 3,1 millions d’euros de chiffre d’affaires ou de ressources, 1,55 million d’euros de bilan).
| Situation | Obligation | Référence |
|---|---|---|
| Association recevant plus de 153 000 € de subventions publiques en numéraire par an | comptes annuels, publicité, commissaire aux comptes | art. L612-4 et D612-5 C. com. |
| Personne morale de droit privé non commerçante ayant une activité économique (une SISA ou une association gestionnaire, par exemple) qui dépasse deux des trois seuils | comptes annuels et au moins un commissaire aux comptes | art. L612-1 et R612-1 C. com. |
| Seuils de l’article R612-1 | 50 salariés en CDI (moyenne) ; 3 100 000 € de chiffre d’affaires HT ou de ressources ; 1 550 000 € de total de bilan | art. R612-1 C. com. |
| Fin de l’obligation fondée sur les seuils de taille | ne plus dépasser deux des trois seuils pendant deux exercices successifs ; cette règle ne supprime pas une obligation fondée sur un autre motif, comme les subventions | art. R612-1 C. com. |
Une structure qui n’est pas obligée peut aussi choisir de faire certifier ses comptes, par exemple pour rassurer un financeur ou des associés.
Un point d’indépendance à connaître. Le code de déontologie des commissaires aux comptes exige l’absence de « risque d’autorévision » : un commissaire aux comptes ne peut pas se prononcer sur des éléments qu’il a lui-même produits (annexe 8-1 du Code de commerce). Pour une même structure, l’expertise comptable et la certification des comptes sont donc confiées à des intervenants distincts. Le recours à des intervenants distincts ne dispense pas d’examiner les liens de réseau et les risques d’autorévision avant l’acceptation de la mission. Le Cabinet Berenfus peut intervenir comme expert-comptable d’une structure, ou comme commissaire aux comptes d’une autre ; pas les deux pour la même. Les missions de commissariat aux comptes du cabinet sont présentées sur notre page commissaire aux comptes pour professions de santé.
Expert comptable centre médical : que fait-il selon la structure ?
La mission dépend de la structure. Pour un centre médical, elle porte sur la SCM et la comptabilité de chaque praticien. Pour une maison de santé, sur la SISA, la répartition de l’ACI et la cohérence avec les comptes des associés. Pour un centre de santé, sur une comptabilité d’employeur et, souvent, d’association subventionnée.
| Structure | Ce que l’expert-comptable prend en charge |
|---|---|
| Centre médical | comptabilité et déclarations de la SCM ; répartition des charges entre associés ; comptabilité libérale de chaque praticien qui le souhaite ; conseil sur l’entrée ou la sortie d’un associé |
| Maison de santé (SISA) | choix de la structure et rédaction comptable des statuts avec votre conseil juridique ; comptabilité de la SISA ; traitement comptable de l’ACI et suivi de sa répartition ; suivi des fonds encaissés et reversés ; transmission des quotes-parts aux associés |
| Centre de santé | comptabilité de l’association ou du gestionnaire ; paies et déclarations sociales ; budget et suivi des forfaits ; comptes annuels exigés par les financeurs ; préparation de l’audit si un commissaire aux comptes est nommé |
Un même cabinet peut ainsi tenir à la fois les comptes de la SISA et ceux des praticiens qui la composent. C’est souvent le moyen le plus sûr d’éviter les écarts entre la quote-part déclarée par chacun et le résultat de la société.
Les points de vigilance avant de créer la structure
Les difficultés les plus fréquentes naissent d’un choix de structure fait sans mesurer ses conséquences comptables : un forfait ACI attendu alors que la maison de santé n’est pas une SISA, des honoraires encaissés sans règle de reversement, un seuil de subventions franchi sans l’anticiper.
- Confondre centre médical et maison de santé. Un cabinet de groupe en SCM, sans projet de santé ni SISA, n’ouvre pas droit à la rémunération ACI. Le nom « centre médical » sur la plaque n’y change rien.
- Encaisser pour les autres sans base statutaire. L’encaissement et le reversement des rémunérations des membres par la SISA supposent que ses statuts le prévoient. À défaut, la structure manie des fonds sans cadre.
- Ne pas écrire la clé de répartition de l’ACI. Le solde est versé au printemps de l’année suivante. Si la règle de partage n’est pas fixée, elle se négocie au pire moment.
- Ignorer le décalage entre avance et solde. Le solde de l’année N est versé en N+1 : son traitement comptable et fiscal doit être déterminé selon le régime de la SISA, faute de quoi le résultat de la SISA, et donc la quote-part de chaque associé, risque d’être faussé.
- Franchir le seuil de 153 000 € de subventions sans le voir venir. Pour un centre de santé associatif, une subvention supplémentaire peut déclencher l’obligation de comptes annuels publiés et de commissaire aux comptes. Mieux vaut le prévoir au budget.
Ce qui reste à vérifier pour votre situation
Les montants de l’ACI et de l’accord national des centres de santé dépendent d’indicateurs et d’avenants qui évoluent : ce guide n’en donne pas les montants, qui sont à lire sur ameli.fr pour l’année concernée. De même, le choix entre le régime des sociétés de personnes et l’option à l’IS pour une SISA se décide sur les chiffres de la structure et de ses associés.
Conclusion
Avant de parler comptabilité, il faut savoir quelle structure vous avez réellement :
- le centre médical, au sens du cabinet de groupe libéral présenté ici, souvent organisé en SCM, mutualise les moyens sans ouvrir, à lui seul, droit à l’ACI ;
- une maison de santé porte un projet de santé ; constituée en SISA, elle peut percevoir l’ACI sous réserve de contractualiser et de remplir les conditions conventionnelles, relève du régime des sociétés de personnes sauf option pour l’IS, et peut encaisser pour ses membres si ses statuts le prévoient ;
- un centre de santé est un employeur, souvent associatif, qui perçoit une rémunération forfaitaire selon le contrat choisi (accord national ou ACI) et peut devoir nommer un commissaire aux comptes.
Chacune appelle une comptabilité différente, et un expert-comptable qui connaît ces règles avant la création de la structure, pas après.
Questions fréquentes
Quelle est la différence entre un centre médical et une maison de santé ?
Le « centre médical » n’a pas de définition légale : c’est le plus souvent un cabinet de groupe où chaque praticien exerce en libéral et partage des frais, par exemple dans une SCM. La maison de santé est définie par l’article L6323-3 du Code de la santé publique : elle réunit des professionnels autour d’un projet de santé et peut percevoir l’ACI si elle est constituée en SISA et remplit les conditions conventionnelles.
Une maison de santé doit-elle être une SISA ?
Pour percevoir la rémunération forfaitaire de l’accord conventionnel interprofessionnel (ACI), une maison de santé pluriprofessionnelle doit être constituée en SISA, selon l’Assurance maladie. La SISA permet aussi, si ses statuts le prévoient, d’employer des professionnels salariés et d’encaisser puis de reverser les rémunérations de ses membres.
Quelle est la comptabilité d’une SISA ?
La SISA tient sa propre comptabilité : charges communes, rémunération ACI, et le cas échéant fonds encaissés pour le compte des membres puis reversés. Fiscalement, elle relève du régime des sociétés de personnes (article 8, 7° du CGI) : son résultat est imposé entre les mains des associés, sauf option pour l’impôt sur les sociétés.
Comment est versée la rémunération ACI d’une maison de santé ?
L’Assurance maladie la calcule par année civile et la verse au nom de la structure en deux temps : une avance de 60 % de la rémunération calculée à 100 % des indicateurs « prérequis socles » et « socles », au plus tard le 30 avril de l’année concernée, ou dans les trois mois suivant la contractualisation pour une nouvelle adhésion, avec proratisation ; puis le solde au plus tard le 30 avril de l’année suivante. La répartition entre associés relève de leurs règles internes.
Les médecins d’un centre de santé sont-ils libéraux ?
Non. L’article L6323-1-5 du Code de la santé publique prévoit que les professionnels qui exercent au sein des centres de santé sont salariés, ou agents de la collectivité lorsqu’une collectivité gère le centre. C’est la principale différence avec la maison de santé, où les professionnels restent en règle générale libéraux.
Un centre de santé associatif doit-il avoir un commissaire aux comptes ?
Oui s’il reçoit plus de 153 000 € de subventions publiques en numéraire par an (articles L612-4 et D612-5 du Code de commerce), ou s’il dépasse deux des trois seuils suivants : 50 salariés, 3,1 millions d’euros de chiffre d’affaires ou de ressources, 1,55 million d’euros de total de bilan (articles L612-1 et R612-1).
Vous montez ou gérez une structure de santé collective ?
Le Cabinet Berenfus accompagne les professionnels de santé libéraux en Île-de-France, seuls ou en structure collective. Héléna Berenfus, expert-comptable et commissaire aux comptes, examine votre projet de centre médical, de maison de santé ou de centre de santé, et vous indique les obligations comptables et fiscales qui en découlent avant toute mission.
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Article à jour au 15 octobre 2026. Sources : Code de la santé publique (art. L4041-2, L6323-1, L6323-1-3, L6323-1-5, L6323-3), loi n° 66-879 du 29 novembre 1966 (art. 36), Code de commerce (art. L612-1, L612-4, D612-5, R612-1, annexe 8-1), BOFiP (BOI-BIC-CHAMP-70-20-10-10), ameli.fr (ACI et accord national des centres de santé).