La facture électronique obligatoire approche à grands pas. Dès le 1^er septembre 2026, toutes les entreprises françaises, y compris les médecins libéraux, devront être capables de recevoir des factures électroniques. L’émission suit selon un calendrier progressif. Anticiper dès maintenant évite le rush de dernière minute et sécurise votre trésorerie.

📅 Article mis à jour le 27 avril 2026 — calendrier officiel et rôle du PPF/PDP confirmés sur economie.gouv.fr.

Pourquoi le médecin libéral est concerné

Contrairement à une idée reçue, la réforme de la facturation électronique ne concerne pas uniquement les sociétés commerciales. En tant que médecin exerçant en libéral (BNC), vous émettez des notes d’honoraires à vos patients et, surtout, vous recevez des factures de vos fournisseurs : éditeur de logiciel médical, assurance RCP, prestataires de télétransmission, matériel médical, loyer du cabinet. Toutes ces factures devront transiter par une plateforme dématérialisée agréée.

L’objectif affiché de la réforme : lutter contre la fraude à la TVA et simplifier la collecte fiscale. Pour les professionnels de santé en BNC non assujettis à la TVA, la réforme reste malgré tout structurante : vous devez être en mesure de recevoir des factures électroniques conformes et de les archiver dans les délais légaux (10 ans).

Le calendrier 2026-2027 à connaître

1^er septembre 2026 : obligation de réception pour toutes les entreprises, sans exception. Un médecin libéral qui refuse une facture électronique s’expose à ne plus pouvoir la déduire fiscalement.
1^er septembre 2026 : obligation d’émission pour les grandes entreprises et les ETI.
1^er septembre 2027 : obligation d’émission pour les PME et les très petites entreprises — dont la majorité des médecins libéraux.

Ces dates sont issues de la dernière loi de finances. Elles peuvent être marginalement ajustées mais la trajectoire est confirmée : en 2027, l’écrasante majorité des professionnels de santé libéraux devront émettre leurs notes d’honoraires via le format électronique normé.

Choisir sa plateforme de dématérialisation partenaire (PDP)

Concrètement, vous ne choisirez pas de “logiciel de facture électronique” classique. Vous choisirez une plateforme de dématérialisation partenaire (PDP) immatriculée par l’administration fiscale. Cette plateforme fera l’interface entre votre outil de gestion quotidien et l’annuaire central Chorus Pro.

Trois options s’offrent à vous :

⚠️ Le Portail Public de Facturation (PPF) n’est plus l’option centrale gratuite. Suite à l’arbitrage de fin 2024, le PPF se limite désormais à un rôle d’annuaire central et de concentrateur de données fiscales. Toutes les entreprises, y compris les médecins libéraux, doivent passer par une Plateforme de Dématérialisation Partenaire (PDP) immatriculée par l’administration fiscale. La liste officielle des 100+ PDP agréées est publiée sur economie.gouv.fr.
Une PDP spécialisée santé (plusieurs éditeurs de logiciels médicaux développent leur module). Ergonomie et intégration métier supérieures.
La PDP de votre expert-comptable, si votre cabinet comptable est lui-même adossé à une PDP agréée. Dans ce cas, la collecte et le traitement de vos factures fournisseurs sont automatisés.

Les 4 actions à lancer dès aujourd’hui

1. Mettre à jour votre fichier “identité entreprise”

Votre SIREN, votre adresse professionnelle (conforme à Sirene), votre code APE et votre régime fiscal doivent être parfaitement à jour. Toute incohérence bloquera la réception de factures électroniques dès septembre 2026. Vérifiez aussi que votre RIB professionnel est bien référencé.

2. Cartographier vos fournisseurs

Listez vos 10-15 principaux fournisseurs (éditeur logiciel, RCP, assurance, fournitures, télétransmission, loyer, téléphonie). Vérifiez auprès de chacun leur calendrier de passage à la facture électronique. Certains y sont déjà ; d’autres prendront du retard. Anticipez les cas de blocage.

3. Prévoir votre PDP

Soit vous optez pour la version gratuite du PPF, soit vous souscrivez à une PDP privée (comptez 10 à 40 € HT/mois pour un professionnel de santé libéral). La plupart des PDP proposent une tarification dégressive selon le volume de factures. À partir de 5-10 factures/mois, le surcoût est marginal par rapport au gain de temps.

4. Anticiper l’impact sur votre logiciel médical

Doctolib, Maiia, Weda, Axisanté, HelloDoc : tous les éditeurs travaillent actuellement à l’intégration de la facture électronique. Demandez à votre éditeur son calendrier de mise à jour et le coût éventuel. Un module dédié peut être facturé 5-15 €/mois en supplément de votre abonnement standard.

Et les notes d’honoraires aux patients ?

Bonne nouvelle : les factures adressées à des particuliers non-assujettis à la TVA (vos patients) restent hors du champ de la facture électronique B2B. L’exonération de TVA des actes médicaux relève de l’article 261-4-1° du CGI, et cette exonération est préservée par la réforme. Vous continuerez à émettre vos notes d’honoraires aux particuliers au format classique (papier ou PDF libre), ou via votre logiciel médical comme aujourd’hui.

En revanche, si vous facturez une entreprise (médecine du travail en contrat, convention avec un établissement, expertise médicale pour assurance), cette facturation passera par le circuit électronique.

Comment nous vous accompagnons

Au Cabinet Berenfus, nous accompagnons les médecins libéraux de Paris et d’Île-de-France dans leur passage à la facture électronique :

Audit de vos flux de facturation actuels (entrants et sortants)
Sélection et paramétrage de la PDP la plus adaptée à votre volume
Paramétrage de votre fiche entreprise dans l’annuaire central
Collecte automatisée de vos factures fournisseurs vers notre outil comptable, sans ressaisie
Formation 1h pour maîtriser le module côté médecin

Demandez un devis gratuit pour l’accompagnement facture électronique →

Sources officielles

Les informations contenues dans cet article sont données à titre général et ne constituent pas un conseil personnalisé. Pour une analyse adaptée à votre situation, prenez rendez-vous avec un expert-comptable spécialisé.

Facture électronique 2026 : ce que le médecin libéral doit faire dès aujourd’hui